Наталья Трунова с 2002 по 2009 годы работала в фонде «ЦСР “Северо-Запад”». В 2017 году стала руководителем направления «Пространственное развитие» ЦСР. Также сейчас Наталья является президентом Некоммерческого партнерства «Национальная гильдия градостроителей», председателем экспертного совета по развитию общественных пространств Российской гильдии управляющих и девелоперов.

Наталья имеет большой опыт практической работы и консультирования в области планирования городов и территорий, привлечения инвестиций и маркетинга территорий, разработки региональных и городских стратегий, развития человеческого капитала, управления проектами. Автор более 30 научных работ, посвященных городскому и региональному развитию.